Қалыпты жағдайда тамақ асқазаннан аш (жіңішке) ішектің бастапқы бөлігіне асқазанның қақпасы арқылы өтеді. Қақпаның стенозында оның бұлшық еттерінің қалыңдауы болады. Асқазаннан аш ішекке тамақтың өтуі үшін кедергі пайда болады.
Қақпаның бұлшық еттерінің қалыңдауының себебі белгісіз. Белгілі бір рольді гендер атқаратындығы белгілі, ата-анасында пилоростеноз бар адамдарда жиі пайда болады.
Пилоростеноз 6 айлық жасқа дейінгі балаларда жиі кездеседі. Ұлдар қыздарға қарағанда жиірек ауырады.